La llegada de los Incas en el año 1462 encontró una tenaz resistencia de los Caxamarca, la misma que culminaría en un pacto entre ambos reinos que daba cierta entrada a la dominación Inca y al culto del dios sol, pero que mantenía la casta y rango de los Cuismanco, de esta manera el lugar denominado en ese entonces Pulltumarka pasa a ser un preferente lugar de visita y descanso para los últimos incas del Tahuantinsuyo, siendo Atahualpa su más asiduo visitante, época en que sus manantiales se les conocieron como Niña Yaku y al pozo que este usaba se lo llamó Inti Puquio (manantial del sol) a la llegada de los españoles en el año 1532 tuvieron su primer encuentro con el gobernador inca en este lugar.
De sitio de curacas e incas, pasó a ser parte de la encomienda de Melchor Verdugo, posteriormente un fundo privado, luego adquiere la categoría de Villa hacia los finales de la colonia. Las cartas, crónicas y apuntes que hacen los españoles y estudioso europeos de la talla de Antonio Raimondi y Alexander Von Humboldt acrecentaron la fama de estos baños termales, dando cuenta de las bondades de estas aguas, es así que empiezan a denominar al lugar como Baños del Inca.
Finalmente en el año 1959 el Congreso de la Republica le da categoría de distrito a los Baños del Inca y el primero de noviembre de 1989 se crea el complejo turístico de Baños del Inca, a partir de ese entonces se escribe una nueva historia que nos sitúa en la actualidad consolidados como uno de los principales atractivos del norte del Perú, de Cajamarca y del distrito de Baños del Inca que en la actualidad es la primera maravilla del Perú, por nuestra historia, tradiciones, riqueza termal, belleza de nuestra campiña y calidez de nuestra gente.
Fuente: http://www.mdbi.gob.pe/index.php?option=com_content&view=article&id=84&Itemid=92
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