El Museo Contisuyo se encuentra escondido dentro de los muros arruinados de la histórica Iglesia Matriz de Moquegua, que se derrumbó en un terremoto en 1868. Instalado en un edificio moderno que repite la forma de los tradicionales techos "mojinetes" de Moquegua, el Museo goza de un laboratorio y depósito para artefactos en la planta baja, una sala de exhibición permanente en la segunda planta, y una oficina, auditorio, y sala multifuncional en el tercer piso. Se puede hacer el recorrido por por la sala de exhibición solo o acompañado por un miembro del equipo del Museo (todo está explicado en Castellano y Inglés). El Museo lleva los visitantes por la prehistoria regional, desde los primeros habitantes hasta el Imperio Inka.
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